Nazywano go odtąd „małym aresztem”.
Podległość organizacyjna i załoga Areszt Centralny podlegał pod względem formalnym i faktycznym Policji Polskiej Generalnego Gubernatorstwa. Zarówno jej funkcjonariusze, jak i przedstawiciele władz niemieckich, wielokrotnie przeprowadzali w nim inspekcje.
Straż w areszcie pełnili funkcjonariusze Żydowskiej Służby Porządkowej. Załoga Aresztu Centralnego stanowiła przy tym wydzieloną jednostkę w ramach ŻSP, która podlegała bezpośrednio komendantowi Józefowi Szeryńskiemu. Stanowisko kierownika aresztu piastował Leopold Lindenfeld (przedwojenny sędzia). Jego zastępcą ds. gospodarczych był początkowo urzędnik Judenratu o nazwisku Lewkowicz. Po kilku tygodniach Lewkowicza zastąpił Ignacy Blaupapier (członek komendy ŻSP), którego z kolei po kilku miesiącach zastąpił podobwodowy ŻSP Izaak Rudniański. Kancelarią kierował Fryderyk Rose (przed wojną kapitan Wojska Polskiego). Niżej w hierarchii stali grupowi – komendant straży męskiej i kierowniczka oddziału kobiecego, za nimi plasowali się oddziałowi i porządkowi. W areszcie zatrudniano ponadto personel pomocniczy (medyczny, kuchenny). Członkowie załogi aresztu nosili specjalne numerki z literą „A” i cyfrą w środku.