W listopadzie 1940 roku znalazła się w getcie warszawskim. Niedługo później na bazie kierowanego przez nią Wydziału do Walki z Epidemiami utworzono Wydział Zdrowia Judenratu. Jego przewodniczącym został Izrael Milejkowski, podczas gdy Syrkin-Binsztejnowa objęła stanowisko dyrektorskie. Nastąpiło to prawdopodobnie w styczniu 1941 roku. Weszła w skład ścisłego kierownictwa Wydziału Zdrowia. Ponadto z jej inicjatywy w czerwcu lub lipcu 1941 roku powołano Instytut Chemiczno-Bakteriologiczny, który zajmował się kontrolą przydatności do spożycia produktów sprzedawanych w getcie, a także kontrolą jakości dostarczanych do getta szczepionek. Nadal koncentrowała się jednak na walce z epidemią tyfusu (jej szczyt przypadł na lato 1941 roku). Wobec nazistowskiej polityki, której celem były degradacja i wyniszczenie ludności żydowskiej, jej wysiłki były jednak skazane na niepowodzenie.