W roku 1983 został pierwszym kierownikiem Zakładu (później Katedry) Filologii Germańskiej Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Szczecinie. Tworzył od podstaw germanistykę w Szczecinie. W 1987 roku, a więc dwa lata po przekształceniu WSP w Uniwersytet Szczeciński, Katedra została przemianowana na Instytut Filologii GermańskiejUniwersytet Szczeciński na przełomie wieków 1985-2010 pod red. Włodzimierza Stępińskiego i Waldemara Tarczyńskiego. Szczecin 2010. ISBN 978-83-7241-749-7 (rozdz.: Instytut Filologii Germańskiej, autorka: Magdalena Lisiecka-Czop), s. 439.. Pracując w Szczecinie zapraszał na uczelnię wybitnych przedstawicieli niemieckiej nauki i kultury, jeździł też ze studentami na spotkania do NiemiecRyszard Lipczuk: Einleitung – Professor Karol Koczy, [w:] Colloquia Germanica Stetinesia nr 20. Tom dedykowany Panu Profesorowi Karolowi Koczemu z okazji 80. urodzin. Szczecin 2012, s. 9–10.. Był współtwórcą Szkoły Letniej dla studentów germanistyki w Akademii Sankelmark (Schleswig–Holsztyn). W Instytucie organizowano uroczystość wręczenia tzw. „małego nobla”, nagrody dla wybitnych pisarzy niemieckich, którzy nie otrzymali „prawdziwej” nagrody Nobla. Założył działające do dziś czasopismo naukowe „Colloquia Germanica Stetinesia”. Docent Koczy pełnił funkcję dyrektora Instytutu do roku 1992.