W styczniu 1940 ks. Joniec opuścił Balin i udał się do Szczawnicy, skąd przez Słowację dostał się na Węgry. Przez jakiś czas był kapelanem w obozach internowanych w Mád i Békés. W czerwcu 1940 przez Jugosławię, Grecję, Turcję i Syrię przedostał się do Palestyny. Został głównym kapelanem Brygady Strzelców Karpackich, organizując dla żołnierzy polskich duszpasterstwo i intensywne poznawanie sanktuariów Ziemi Świętej. W tym okresie Polacy wybudowali nowy Dom Polski, odnowili III stację Drogi Krzyżowej na Via Dolorosa i ufundowali msze wieczyste za poległych żołnierzy. Jesienią wraz z brygadą ks. Joniec przenosi się do Egiptu. Polacy kończą budowę linii obronnej wokół portu w Aleksandrii. Po przeorganizowaniu na styl brytyjski brygada przyjmuje nazwę Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich (). Polska brygada zostaje przeniesiona do twierdzy Tobruk. Jako kapelan ks. Joniec odprawiał dla wojska msze święte. Powstałe wówczas kazania zostały wydane drukiem w Jerozolimie w 1942 roku. Oprócz bitwy o Tobrukiem polscy żołnierze biorą również udział w bitwie pod Gazalą. Ks. Joniec chował zabitych żołnierzy na Cmentarzu Wojennym w Tobruku.