Pierwsze oddziały armii indonezyjskiej wkroczyły na Timor Wschodni we wrześniu 1975 roku, kilka tygodni przed wybuchem wojny. Ofiarami pojedynczych starć byli Timorczycy, w jednym przypadku z 16 października również pięciu dziennikarzy z Australii. W międzyczasie władze Timoru Wschodniego aresztowały zwolenników UDT i APODETI – proindonezyjnej i prointegracyjnej partii politycznej. Premierem Timoru Wschodniego został Nicolau Lobato, przedstawiciel nacjonalistycznej frakcji FRETILIN. 28 listopada 1975 roku Timor Wschodni jednostronnie ogłosił niepodległość. Decyzja ta nie została uznana przez Portugalię, co pozwoliło jej występować na forum ONZ w charakterze legalnego reprezentanta wyspy podczas okupacji indonezyjskiej.
Przebieg wojny Początek wojny Po ogłoszeniu niepodległości Indonezja zmobilizowała siły polityczne opowiadające się za scaleniem Timoru Wschodniego z Indonezją. Władze Indonezji nawiązały współpracę z przedstawicielami UDT, APODETI i lokalnymi władcami, skupionymi wokół satelickich partii APODETI – KOTA i Trabalhista. 7 grudnia 1975 roku Indonezja zaatakowała Timor Wschodni przy użyciu sił powietrznych i amfibijnych. Siły Indonezji liczyły 32 tys. żołnierzy oraz 10 tys. rezerwistów w Timorze Zachodnim. FRETILIN wystawił 2,5 tys. regularnego wojska oraz 7 tys. żołnierzy walczących czasowo.