Ponadto Timor Wschodni dysponował od 10 do 20 tys. rezerwistów, przeszkolonych jeszcze przez władze portugalskie. 20 sierpnia 1975 roku powstały Siły Zbrojne Wyzwolenia Narodowego Timoru Wschodniego ().
Aneksja Timoru Wschodniego 17 czerwca 1976 roku ogłoszono formalne przyłączenie Timoru Wschodniego do Indonezji, jednak faktycznie nie sprawowała kontroli nad całym krajem. Organizacja Narodów Zjednoczonych nie uznała aneksji Timoru Wschodniego. Dopiero na początku lat 80. armia Indonezji opanowała cały Timor Wschodni. Do końca 1979 roku Indonezyjczycy rozbili dowództwo i kierownictwo polityczne FRETILIN, mordując 49 z 52 członków Komitetu Centralnego FRETILIN. Do 1981 roku FRETILIN w wyniku sporów frakcyjnych nie było w stanie skutecznie koordynować działań przeciwko Indonezyjczykom. Część kierownictwa FRETILIN opowiadała się za nawiązaniem współpracy z państwami bloku wschodniego lub Chińskiej Republiki Ludowej. Pomoc od państw komunistycznych nigdy nie nadeszła. Na początku marca 1981 roku w Lacluta FRETILIN odtworzył centralne kierownictwo partyjne. 21 marca 1983 roku ogłoszono tymczasowe zawieszenie broni między Indonezją a FRETILIN. W tym samym roku rozpoczęto trójstronne rozmowy między Indonezją, Portugalią i ONZ w sprawie zakończenia wojny.