W 1984 roku rząd Indonezji zwiększył liczbę wojsk okupacyjnych do 20 tys. 9 września 1985 roku prezydent Indonezji Suharto ogłosił wprowadzenie stanu wyjątkowego w Timorze Wschodnim. W każdej wsi timorskiej stacjonowało kilkunastu żołnierzy. Jeden żołnierz indonezyjski przypadał na każdych 38 mieszkańców Timoru Wschodniego. Stanowiska urzędnicze w Timorze Wschodnim obejmowali głównie migranci z Jawy. Ludność timorska złośliwie głosiła, że urzędnicy indonezyjscy reprezentują tzw. „Batalion 702”. Nazwą tą określano nietimorskich urzędników, rozpoczynających pracę o siódmej rano (7), nie robiących nic (0) i kończących pracę o drugiej (2). Indonezyjski (transmigrasi), polegający na przesiedlaniu ludności z różnych zakątków kraju, miał doprowadzić do rozbicia struktury etnicznej terytorium, sprzyjając integracji Timoru Wschodniego z Indonezją.
W celu poprawy wizerunku Indonezji na arenie międzynarodowej, w 1988 roku Suharto ogłosił Timor prowincją o statusie równym statusowi 26 pozostałych prowincji. W 1989 roku zezwolono turystom na zwiedzanie Timoru Wschodniego.
thumb|200px|Xanana Gusmão, główny dowódca Falintilu, w latach 2002–2007 prezydent Timoru Wschodniego W listopadzie 1992 roku aresztowano Xananę Gusmão, głównego dowódcę Falintilu.