Władze Indonezji wprowadziły politykę wynaradawiania: zabroniły używania języka portugalskiego, zdelegalizowały wszystkie timorskie partie polityczne, zmuszały kobiet do sterylizacji oraz odbierały dzieci rdzennym Timorczykom. Za pośrednictwem systemu edukacji szerzono znajomość języka indonezyjskiego. Indonezyjski, dziś objęty statusem języka roboczego, pozostaje w stosunkowo powszechnym użyciu na terenie kraju.
Referendum z 1999, zakończenie wojny W wyniku rosnącej presji międzynarodowej oraz problemów wewnętrznych (m.in. azjatyckiego kryzysu gospodarczego z 1997 roku) Indonezja poczyniła pewne ustępstwa wobec Timoru Wschodniego. 21 maja 1998 roku prezydent Suharto podał się do dymisji. Nowym prezydentem Indonezji został Jusuf Habibie. W październiku 1998 roku Sekretarz Generalny ONZ przedstawił projekt nadania Timorowi Wschodniemu autonomii wchodzącej w skład Indonezji. W styczniu 1999 roku Jusuf Habibie zaproponował zorganizowanie plebiscytu w sprawie przyszłości Timoru Wschodniego. W plebiscycie zapytano, czy Timor Wschodni powinien stać się autonomią. W przypadku odrzucenia oferty autonomii władze Indonezji miały zaakceptować niepodległość Timoru Wschodniego.