Władze indonezyjskie zakładały, że młode pokolenie Timorczyków, wychowane w indonezyjskich szkołach, poprze powstanie autonomii.
Ideę plebiscytu zaakceptowały władze Indonezji i Portugalii podczas negocjacji prowadzonych 5 maja 1999 roku w Nowym Jorku, a następnie przedstawiciele Narodowej Rady Oporu Timoru Wschodniego. Zdecydowano, że proces wyborczy będzie administrowany przez Sekretarza Generalnego ONZ i Misję Pomocniczą Narodów Zjednoczonych dla Timoru Wschodniego (UNAMET), ustanowiony 11 czerwca 1999 roku na mocy rezolucji S/RES/1246. Rozpoczęcie rozmów nie wstrzymało walk na wyspie. Nadal dochodziło do mordowania ludności cywilnej przez armię indonezyjską. W dniach od 4 do 6 kwietnia 1999 roku w Liquica proindonezyjscy bojówkarze, wsparci przez policjantów i żołnierzy indonezyjskich zamordowały ok. 20 osób podczas szturmu w jednym z tamtejszych kościołów.
Od stycznia 1999 roku dowódcy prointegracyjnych bojówek zastraszały ludność timorską, grożąc, że osoby głosujące za niepodległością będą mordowane wraz z ich rodzinami. Mordy ludności timorskiej po referendum miały stanowić zemstę oraz być ostrzeżeniem dla ruchów separatystycznych z innych części Indonezji.