W XVII wieku miasto zostało zniszczone podczas rokoszu Zebrzydowskiego. Jeszcze więcej zniszczeń przyniosły wojny szwedzkie i najazd Jerzego II Rakoczego. Miasto zostało przez wojska Jerzego II Rakoczego splądrowane i spalone 1 kwietnia 1657 roku. Przez kolejne 4 lata szerzyła się tu zaraza, która do reszty spustoszyła Chęciny. Lustracja z 1660 roku wykazała zaledwie 48 domów, z 341 znajdujących się tu przedtem. Aby podnieść miasto z upadku król Jan Kazimierz ustanowił w 1666 roku przywilej na pięć jarmarków.
W 1764 roku Chęciny przeznaczono na drugie miejsce sądów ziemskich radomskich, dla powiatów: radomskiego, opoczyńskiego i chęcińskiego. W 1795 roku miasto znalazło się w zaborze austriackim. W 1796 roku zlikwidowano powiat chęciński, a w jego miejsce utworzono powiat kielecki. W 1809 roku Chęciny znalazły się w Księstwie Warszawskim, a w 1815 roku w Królestwie Polskim. W odrodzonym w 1918 roku państwie polskim Chęciny były ośrodkiem przemysłu wapienniczego i drzewnego. W latach 1939–1945 znalazły się pod okupacją hitlerowską. Miały tu miejsce masowe egzekucje. Ludność Chęcin prowadziła działalność partyzancką.