W 1270 r. zbudowany był już pierwszy dwukondygnacyjny budynek murowany – prawdopodobnie służył jako kaplica z biblioteką podręczną, na parterze zaś jako oratorium, obecnie (z zachowaną jedną kondygnacją) służy jako zakrystia. W latach następnych majątek klasztorny zwiększył się istotnie za następnymi darowiznami Rożemberków, kolejno grzebanych na terenie opactwa.
12 listopada 1281 Jindřich z Rožmberka przekazał klasztorowi cztery wsie, z przeznaczeniem na budowę kościoła, która najprawdopodobniej zaczęła się w okresie przed końcem roku 1286. Przed rokiem 1306 konsekrowano pięć ołtarzy w tym ołtarz główny, wybudowano kaplice, a także inne nowe budynki. Za opata Ottona IITrzeci opat wspólnoty zakonnej w latach 1286/90-1309, przybyły z Wilhering, przypuszczalnie dla celów budowy kościoła ukończono gotycki rdzeń kościoła – część wschodnią. Ukończenie bazowej budowy klasztoru, wraz z: częścią zachodnią kościoła – odbiegającą stylem od klasycznego gotyku części wschodniej, krużgankiem oraz innymi najważniejszymi zabudowaniami klasztornymi, przypada na drugą połowę XIV w. To na przełomie półwiecza swoje dzieło stworzył Mistrz Ołtarza z Wyższego Brodu.