W 1940 r. wstąpił do ZWZ, w którym przyjął pseudonim "Szalony".
W marcu 1943 r. Teodor Pajewski, pracując wówczas na kolei, wyprowadził Rachelę Auerbach ze stacji kolejowej Warszawa-Praga na Pelcowiźnie. W kwietniu tego roku wyprowadził z getta (w trakcie powstania) aktora i reżysera Jonasza Turkowa i ukrył go w swoim mieszkaniu na Brukowej 8. Pomógł również żonie stolarza z Radzymina, którą w charakterze krewnej lub żony umieścił w szpitalu, a następnie zabrał do siebie z dzieckiem i mężem i ukrywał ich przez parę tygodni do czasu zorganizowania im kryjówki w podwarszawskiej Radości. Najbardziej znanym czynem Teodora Pajewskiego i jego znajomej Emilii Kossower-Rozencwajg było wyprowadzenie w sierpniu 1943 r. z niemieckiego obozu pracy przymusowej w Trawnikach żydowskiego historyka Emanuela Ringelbluma, założyciela archiwum „Oneg Szabat”, którego ukrywano na ulicy Radzymińskiej 2, w mieszkaniu Stanisławy Jaszczyk, siostry żony Teodora Pajewskiego. Emanuel Ringeldblum miał powiedzieć, że dwa skromne pokoje u „Stachy” po ucieczce z obozu wydały mu się ideałem spokoju, czystości i komfortu, a w liście z 20 grudnia 1943 r. przypominał swoim kolegom, że w poprzedniej korespondencji prosił o zakup prezentu na święta dla Teodora i Emilki: „Jestem im szczerze wdzięczny i chciałbym, aby oni o tym wiedzieli”.