W 1947 Slavia zdobyła ostatnie mistrzostwo kraju (kolejny tytuł wygrała dopiero w 1996, już w Republice Czeskiej) w historii czechosłowackiej ligi, a rok później Komunistyczna Partia Czechosłowacji przejęła pełnię władzy w kraju po zamachu stanu. Jako klub z rodowodem mieszczańskim, Slavia została uznana przez nowe władze za organizację "burżuazyjną" i "inteligencką" (w przeszłości jej zawodnikiem był obalony prezydent Edvard Beneš). W epoce stalinizmu klub był zmuszany do zmiany nazwy (na Dynamo Praga) i barw (z biało-czerwonych na niebieskie) oraz marginalizowany przez władze kosztem nowego wojskowego klubu ATK (później Dukla Praga) i derbowego rywala. W latach 60. został uratowany przez kibiców od likwidacji i następnie występował w europejskich pucharach, ale do rozpadu Czechosłowacji już nie był w stanie dorównać osiągnięciom Sparty.
Druga praska "S" po reformie sportu na wzór radziecki została klubem kolejowym i do rozpadu Czechosłowacji z końcem 1992 oraz końca czechosłowackiej ligi (ostatni sezon 1992/1993 przeżył wspólne państwo o kilka miesięcy) zgromadziła 14 mistrzostw kraju i więcej wygranych w derbowych meczach ze Slavią.