Po pewnym czasie, w Albuquerque (Nowy Meksyk), Shephard dowiaduje się o inwazji na Ziemię przez Kombinat. Po dołączeniu do Alexa, żołnierza Gwardii Narodowej USA, Shephard wędruje przez miasto i niechętnie podejmuje się współpracy z Adamem, agentem tajnego oddziału rządowego (). Mitchell nawiązuje kontakt z grupą formacji lekkiej piechoty Armii Stanów Zjednoczonych (rangersów) pod przywództwem pułkownika Cue na chwilę przed komunikatem radiowym o poddaniu się Stanów. Grupa decyduje się na ucieczkę do Nevady; pociąg którym podróżują zostaje zaatakowany przez Kombinat – Shephard, Alex i Adam jako jedyni uchodzą cało. Na miejscu łączą siły z inną grupą rangersów dowodzonych przez porucznika Harveya i wspólnie przedostają się do Wybrzeża Północno-Zachodniego. W tamtejszym porcie bohater odkrywa kontenerowiec Avalon Vale i poznaje jego kapitana, Roosevelta. Statek zostaje zaatakowany przez Kombinat, w wyniku czego Roosevelt ginie; Shephard obejmuje dowództwo nad ocalałymi, tworząc własną armię działającą z platform wiertniczych.