Trzy lata później, Mitchell podróżuje do Miasta 9 () na Alasce, gdzie odkrywa fabrykę Kombinatu wykorzystującą dzieci. Po dojściu do porozumienia z zarządcą fabryki, Borisem, uwalnia on dzieci i eskortuje do poszczególnych posterunków. Po upływie siedemnastu lat, G-Man nakazuje bohaterowi udanie się do Miasta 17 () i zabicie Freemana. Razem z Adamem, Shephard dołącza do sił Kombinatu i szturmuje bazę Black Mesa East. Potem zostaje pojmany przez rebeliantów, jednak ratuje go Sasha, córka Borisa. Niespodziewanie zjawia się Adam i zabija Sashę, zmuszając Shepharda do ucieczki. Później bohater po raz kolejny spotyka G-Mana, od którego dowiaduje się, że w Black Mesie został napadnięty przez Adama w ramach kontraktu między nim a G-Manem. Następnie G-Man wyjaśnia, że działania bohatera osłabiły Kombinat, co pozwoliło Gordonowi Freemanowi na pokonanie wroga. Następnie Shephard udaje się do fabryki nadzorowanej przez Borisa. Boris mylnie uznaje Mitchella za zabójcę swojej córki i każe siłom Kombinatu go zabić;