Zamiast tego podjęto się ufortyfikowania granicy, co również wiązało się z rozbudową sieci wąskotorówek. Zadecydowano się wówczas na odtworzenie 12-kilometrowego odcinka między Rozogami a Myszyńcem i z dniem 1 czerwca 1940 kolej została włączona w struktury Deutsche Reichsbahn Zarząd zaczął wówczas podlegać pod Deutsche Reichsbahn-Direktion w Królewcu i został przeniesiony do Myszyńca. Reaktywowano wtedy też linie: Pupy – Myszyniec – Grabowo, Myszyniec – Dęby – Turośl oraz Myszyniec – Morgowniki. Zbudowano również nowe fragmenty w okolicach Zbójnej, Turośli i Wincenty. Podobnych kroków podjęto się po stronie rosyjskiej, gdzie wybudowano fragmenty w okolicach Czyżewa i Nowogrodu. Nowe trasy jednak straciły swoje znaczenie w 1941 i zostały niedługo potem rozebrane. 21 czerwca 1941 dwa parowozy i cztery wagony osobowe przetransportowano do Łomży, przez co stał się możliwy ruch wahadłowy na trasie Łomża – Nowogród, a przepływ przez rzekę umożliwiał prom. W 1942 rozpoczęła się budowa mostu na tej trasie, jednakże nie została ona dokończona przed zakończeniem wojny. Wybudowano natomiast most na Pisą, co umożliwiło 7 marca 1943 na przywrócenie kursów na linii Myszyniec – Kolno. W 1944 front zatrzymał się w okolicach Nowogrodu, co skutkowało znaczącymi zniszczeniami na linii kolejowej od strony Łomży, jak i Zbójnej.