Jednakże jako iż znaczna część trasy znajdowała się na terenach leśnych, kolej była bardzo otwarta na czynniki zewnętrzne. Dochodziło przez to do częstych opóźnień spowodowanych m.in. śniegiem bądź przewracaniem się drzew. Oznaczało to niepunktualność pociągów oraz niezgodność ich przyjazdów z rozkładami. Zniechęcało to pasażerów do przejazdów koleją, dlatego wraz z aktywacją komunikacji autobusowej między Szczytnem a Klonem 2 czerwca 1930 połączenie kolejowe straciło na znaczeniu i między 1927 a 1938 liczba pasażerów zmalała 10-krotnie. W wyniku tego kolej chciano zlikwidować jako nierentowną, jednakże nie wydarzyło się to przed II wojną światową.

Wpływ II wojny światowej na kolej Pomimo przejęcia przez Wehrmacht, kolej nie doznała znaczących zniszczeń, jednakże zostały uszkodzone mosty nad Pisą oraz nad Narwią. Nowa granica ustalona w pakcie Ribbentrop-Mołotow była wyznaczona wzdłuż tych rzekTekst paktu Ribbentrop-Mołotow w języku niemieckim dostępna na stronie ns-archiv.de (Ogólny protokół działania, punkt 2 (cytat: „Für den Fall einer territorial-politischen Umgestaltung der zum polnischen Staat gehörenden Gebiete werden die Interessensphären Deutschlands und der UdSSR ungefähr durch die Linie der Flüsse Pissa, Narew, Weichsel und San abgegrenzt”.))., zarazem mostów podczas II wojny światowej nie odbudowano.