Stowarzyszenie uznało jej działanie za sprzeczne z zasadami etyki sędziowskiej oraz celami „Iustitii”, które polegają na obronie niezależności sądownictwa.
W okresie rządów Prawa i Sprawiedliwości, w latach 2006–2008 i 2016–2018 oddelegowana do pracy w Ministerstwie Sprawiedliwości, gdzie pracowała m.in. nad systemem losowego przydziału spraw sędziom oraz nad nowelizacją ustaw o Krajowej Szkole Sądownictwa i Prokuratury i ustroju sądów powszechnych. W styczniu 2018 oddelegowana do Sądu Okręgowego w Krakowie, w którym objęła stanowisko prezeski, zastępując Beatę Morawiec. W 2020 została sędzią tego sądu. 10 października 2022 zakończyła kierowanie krakowskim sądem okręgowym.
W 2018 i 2022 Sejm wybrał Pawełczyk-Woicką na sędziowskiego członka Krajowej Rady Sądownictwa. 24 maja 2022 wybrana na przewodniczącą tego gremium; w głosowaniu pokonała poprzednika, Pawła Styrnę. Zgodnie z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z 18 lipca 2007 (sygn. akt K 25/07) sędziowscy członkowie Rady powinni być wybierani przez sędziów. Późniejsze orzeczenia dopuszczające wybór sędziów do KRS przez Sejm zapadały w składach z udziałem tzw. sędziów-dublerówWyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 marca 2019 r. sygn.