akt K 12/18 ()., co stało się podstawą do kwestionowania legalności powołania Pawełczyk-Woickiej do tego organu oraz sprawowanej przez nią funkcji przewodniczącej.
W 2020 Pawełczyk-Woicka objęła stanowisko sędzi Sądu Okręgowego w Krakowie na podstawie nominacji prezydenckiej poprzedzonej rekomendacją KRS w jej ówczesnym składzie. Status prawny sędziów powołanych w tym trybie jest przedmiotem odrębnego sporu w orzecznictwie krajowym i europejskim.
Wybrane działania i decyzje Wkrótce po objęciu funkcji prezes Sądu Okręgowego w Krakowie odwołała jego rzecznika Waldemara Żurka i przeniosła go do innego wydziału, wskutek czego Żurek wytoczył jej powództwo o mobbing. 3 marca 2023 Sąd Okręgowy w Katowicach wydał postanowienie stwierdzające stosowanie przez Pawełczyk-Woicką mobbingu wobec sędziego.
18 kwietnia 2018 wydała zarządzenie ograniczające dostęp dziennikarzy na teren Sądu Okręgowego w Krakowie. Sprzeciw wobec tego zarządzenia wyraziły m.in. Helsińska Fundacja Praw Człowieka oraz Rzecznik Praw Obywatelskich.
W 2019 odwołała ze stanowiska koordynatora ds. współpracy międzynarodowej sędziego Dariusza Mazura, rzecznika Stowarzyszenia Sędziów „Themis”, powołując na jego miejsce Przemysława Wypycha, wobec którego toczyło się postępowanie dyscyplinarne.