Inkwizycja pozostawała w Katalonii instytucją bardzo niepopularną. Miejscowi postrzegali ją jako instytucję obcą, narzuconą przez Kastylijczyków wbrew lokalnym przywilejom, tym bardziej, że na inkwizytorów bardzo rzadko mianowano ludzi miejscowych. Inkwizytorzy w korespondencji z Supremą często skarżyli się na nieokazywanie im respektu przez przedstawicieli miejscowych władz i niechęć ludności do współpracy z trybunałem. W rezultacie inkwizytorzy rzadko organizowali ceremonie autos-da-fe z obawy przed publicznymi upokorzeniami ze strony innych władz. W latach 1560–1640 odbyło się ich tylko 16, z czego aż 14 do roku 1578. Chcąc zwiększyć swoją popularność wśród Katalończyków, inkwizytorzy chętnie wszczynali postępowania wobec ludzi z marginesu społecznego oraz wobec imigrantów z Francji. Francuzi stanowili znaczny odsetek wśród oskarżonych o protestantyzm i o “sodomię”.