Trybunał inkwizycji rzymskiej (1643-1652) W 1640 w Katalonii wybuchła wspomagana przez Francję rewolta przeciwko rządom dynastii habsburskiej. Na kilkanaście lat Katalonia uzyskała faktyczną niezależność pod protektoratem Francji. Trybunał inkwizycyjny, postrzegany jako instytucja kastylijska, został zniesiony, ale jednocześnie zwrócono się do papieża Urbana VIII o zgodę na utworzenie trybunału rzymskiej inkwizycji. Zgody tej papież udzielił we wrześniu 1643. Papiescy inkwizytorzy przeprowadzili dwie publiczne ceremonie autos-da-fe (w 1644 i 1647), w których skazano łącznie 18 osób, w tym dwie osoby skazano zaocznie, a jednego mężczyznę spalono za “sodomię”.
Schyłek Hiszpania odzyskała kontrolę nad Katalonią w 1652 i przywróciła trybunał inkwizycyjny kontrolowany przez Supremę. Inkwizycja w Barcelonie kontynuowała działalność do początku XIX wieku, ale utrzymywała ją na dość niskim poziomie. Odnotowano w tym czasie tylko dwie egzekucje (w 1726 i 1753). W przeciwieństwie do Kastylii, Katalonia nie była prawie w ogóle dotknięta imigracją portugalskich tzw. nowych chrześcijan, podejrzewanych o potajemne wyznawanie judaizmu.