W latach 1705–1714, w okresie wojny o sukcesję hiszpańską, trybunał barceloński popierał arcyksięcia Karola Habsburga jako pretendenta do tronu hiszpańskiego. Lojalna wobec króla Filipa V Suprema przejściowo przeniosła siedzibę trybunału do Tortosy, gdzie mianowała inkwizytorów popierających prawowitego króla.
Trybunał w Barcelonie został zniesiony po raz pierwszy w 1808 przez okupacyjne władze napoleońskie. Przywrócono go w 1814, ale w 1820 zniesiono go definitywnie.
Archiwum i statystyki wyroków Archiwum trybunału inkwizycji w Barcelonie zostało w zasadzie całkowicie zniszczone podczas rewolucji w 1820. Akta kilkudziesięciu procesów (głównie z XVII wieku) jednak ocalały z pogromu i zostały częściowo opublikowane w 1828 w Bostonie przez amerykańskiego uczonego Samuela Goodricha. Obecnie dokumentacja ta zdeponowana jest w Bibliotece Uniwersytetu Pensylwanii. Poza tym jednak, zasadniczym źródłem wiedzy o działalności inkwizycji w Barcelonie jest dokumentacja zawarta w archiwum Supremy, w tym zwłaszcza sprawozdania przesyłane Supremie przez lokalnych inkwizytorów. Zachowane z lat 1540-1700 relaciones de causas trybunału barcelońskiego informują o 3047 wyrokach (w tym 37 wykonanych wyroków śmierci oraz 27 egzekucji in effigie).