Antoni Pęksa przeprowadził wiele potrzebnych remontów. Był duszpasterzem Sióstr Urszulanek Szarych w Łodzi, od 4 września 1969 roku wikariuszem parafii w Ksawerowie. Z pracy w Ksawerowie został zwolniony 22 czerwca 1971 roku i przeznaczony ponownie do duszpasterstwa przy kościele Urszulanek Szarych w Łodzi; 3 miesiące później objął zastępstwo za ks. Jerzego Romanowicza, proboszcza w Czarnej. 2 marca 1972 roku został przeniesiony do pracy duszpasterskiej w Szczecinie. Od 1 sierpnia 1973 roku był kapelanem szpitala przy Akademii Medycznej w Poznaniu. W latach 1975–1997 był wikariuszem, a następnie proboszczem nowo erygowanej parafii Świętego Wojciecha w Ostrołęce-Wojciechowicach, rektorem Wspólnoty Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego w Ostrołęce oraz kaplicy Świętego Wincentego Pallottiego w Laskowcu, gdzie zamieszkał jako emeryt od 1997 roku.
Wybudował Dom Stowarzyszenia i Dom Katechetyczny w Ostrołęce-Wojciechowicach oraz ośrodek duszpasterski i kościół w Laskowcu, przez wiele lat prowadził zajęcia duszpasterskie w obu placówkach, zapoczątkował pracę duszpasterską w Zakładzie Poprawczym w Laskowcu.