Już w 1874 roku władze pruskie zmusiły część zakonnic do opuszczenia klasztoru, a rok później definitywne rozwiązano wspólnotę. Siostry na czele z Marią Ksawerą od Jezusa (Marią Czartoryską) udały się do Krakowa i tam założyły nowy karmel przy ulicy Łobzowskiej, licząc jednakże na powrót do Wielkopolski. Klasztor i kaplica zostały przekazane w użytkowanie Arcybiskupiemu Seminarium Duchownemu. Obecnie na miejscu zabudowań przebiega ulica Stefana Wyszyńskiego (tzw. trasa chwaliszewska).
W 1920 roku karmelitanki po raz trzeci przybyły do Poznania. Nową wspólnotę tworzyły siostry z Krakowa. Początkowo zamieszkały w domu przy ul. Kopczyńskiego (ob. ul. Dmowskiego) na Świętym Łazarzu. W 1925 roku rozpoczęto budowę klasztoru wraz z kościołem przy ul. Niegolewskich. Autorem projektu był Roger Sławski. Klasztor uroczyście poświęcił kard. August Hlond w 1927 roku. Dwa lata później do użytku oddano kościół, który konsekrowano w roku 1933. Część sióstr wzięła udział w fundacji nowego klasztoru w Wilnie. Działalność karmelitanek trwała do 1940 roku, kiedy to władze hitlerowskiej skonfiskowały posiadłość celem przeznaczenia jej na szkołę muzyczną, a zakonnice eksmitowano i zmuszono do zamieszkania w Krakowie w klasztorze na Wesołej. Tam przetrwały okres II wojny światowej.