Charakterystyka Jaskinia Záskočská jest jaskinią krasową, utworzoną w kompleksie wapieni i dolomitów środkowego triasu, stanowiących główny budulec masywu Krakovej Hali. System charakteryzuje się rurowymi korytarzami, wskazującymi na modelowanie podziemnych przestrzeni w drodze korozji i erozji płynącej wody. Tworzą go dwa główne ciągi korytarzy, położonych jeden nad drugim, stopniowanych, połączonych kilkoma studniami. Przedstawiają one dwa poziomy rozwojowe koryta dawnej podziemnej rzeki, która coraz głębiej wcinała się w górotwór. W kolejnym etapie rozwoju systemu jaskiniowego pewną rolę odegrał także wpływ wód atmosferycznych, przesączających się w głąb spękanego na skutek ruchów tektonicznych, wapiennego masywu Krakovej Hali.
Przestrzenie jaskini wypełnione są różnymi formami nacieków jaskiniowych. Występują tu m.in. interesujące, białe lub przezroczyste kryształy kalcytu o wyraźnej dwójłomności optycznej. W jeziorkach i wśród rumowiska występują perły jaskiniowe, okrągłe, o średnicy 4–5 mm, a także o bardziej złożonych kształtach, od owalnych do wielościennych, w rozmiarach do około 20 mm.