Terytorium Terytorium ustanowione w 2003 roku jest mniejsze niż pierwotnie wyznaczone w 1979 r. (liczy 58 738 ha), jako że nie obejmuje obszaru szeregu wsi (tereny zabudowane i rolnicze), które tworzą w nim swoiste enklawy. Poza nowymi granicami CHKO Horná Orava znalazły się (wymieniając od zachodu): Zakamienny Klin, Kruszetnica, Brzeza, Mutne, Orawskie Wesele, Namiestów, Klin, Sihelne, Orawska Półgóra, Rabcza, Żubrohława, Głodówka i Sucha Góra. Wyłączono też obszar źródliskowy potoku Jeleśnia i wschodni kraniec Magury Orawskiej, włączając w zamian obszar źródliskowy rzeki Hruštínka.
Obszar chroniony obejmuje najdalej na północ wysunięty fragment Słowacji, a jego północna granica pokrywa się z polsko-słowacką granicą państwową na odcinku od szczytu Bukowina na zachodzie po kamień graniczny III/1 na północ od Suchej Góry, na wysokości polskiej wsi Koniówka. Z tego punktu granica CHKO wiedzie około 14 km na zachód, początkowo wzdłuż nasypu dawnej linii kolejowej. Po dotarciu do linii brzegowej Zbiornika Orawskiego przebiega wzdłuż jego południowej krawędzi. W okolicy Namiestowa odbija na zachodni południowy zachód, biegnąc częściowo wzdłuż koryta Białej Orawy (przy czym granica omija od północy wieś Jasienica Orawska). Po przebyciu ok.