Terytorium CHKO dzieliło się na cztery „podobszary” (podoblasť, I–IV) o różnym stopniu ochrony; te z kolei składały się z „jednostek krajobrazowych” (krajinný celok). Były to podobszar I.: Paráč, Pilsko–Babia hora, Gluchová, Stará hora; podobszar II.: Oravská Lesná, Babinská, Lomná, Beňadovo–Sihelniansky hrádok, Slaná voda, Medvedia hora, Hladovské bory, pramenisko Jelešne; podobszar III.: Oravská vodná nádrž; podobszar IV.: Novoť–Zákamenné, Lokca–Páleničky, Mutné–Oravské Veselé, Oravská Polhora–Námestovo, Ústie nad Priehradou, Hladovka. Podział na strefy zniesiono na podstawie ustawy o ochronie przyrody i krajobrazu z 1994 roku. Nowe granice wytyczono w rozporządzeniu Ministerstwa Środowiska Republiki Słowackiej 420/2003 z 29 września 2003 r., którym jednocześnie uchylono rozporządzenie 110/1979. Wtedy też zniesiono funkcjonowanie na terytorium CHKO wszelkich małoobszarowych form ochrony (w tym rezerwatów przyrody, obszarów ochronnych, pamiątek przyrody), których funkcje przejęły odpowiednie strefy ochrony parku.