(w słowackiej skali).

Do strefy A (5., najwyższy stopień ochrony, „terytorium nieinterwencyjne”) należą obszary szczytowe Pilska, Babiej Góry oraz okolice rezerwatu Spálený grúnik (dawne rezerwaty). Według definicji są to pierwotne lub przekształcone w niewielkim stopniu biotopy o znaczeniu europejskim. Ich łączna powierzchnia wynosi 1263 ha (2,15% powierzchni CHKO).

Strefę B tworzą obszary otuliny wobec strefy A oraz siedliska o znaczeniu europejskim lub krajowym bądź siedliska gatunków o znaczeniu europejskim lub krajowym. Składa się na nią 18 jednostek (w tym m.in. północna część Zbiornika Orawskiego) o łącznej powierzchni 3356 ha (5,71% powierzchni CHKO). Obowiązuje w niej 4. stopień ochrony, co oznacza, że dozwolone jest tam prowadzenie prac gospodarczych jak np. koszenie torfowisk.

Do strefy C zalicza się pasmo ochronne strefy B, obszary należące do Terytorialnego Systemu Stabilności Ekologicznej (ÚSES), a także te biotopy o znaczeniu europejskim bądź krajowym, które w znacznym stopniu zostały przekształcone przez człowieka. Obejmuje ona m.in. kompleksy leśne w Beskidach Orawskich, w grupie Paráča czy w okolicy Minčola. Obowiązuje tam 3. stopień ochrony właściwy dla parków narodowych.