Aktywność Harrisona w latach 90. była znikoma. W 1992 wydał album Live in Japan, będący zapisem bardzo udanej serii koncertów z grudnia 1991, podczas których towarzyszył mu wieloletni przyjaciel Eric Clapton. W kolejnych latach sporadycznie uczestniczył w sesjach nagraniowych takich wykonawców jak Ringo Starr, Bill Wyman czy Electric Light Orchestra. W 1998 do kin IMAX w USA trafił film dokumentalny Everest, w którym wykorzystano kilka piosenek Harrisona (m.in. „Here Comes the Sun”, „All Things Must Pass” czy „Give Me Love [Give Me Peace On Earth]”).
W 1997 rozpoczął pracę nad kolejną płytą, której jednak nie zdążył ukończyć przed śmiercią. Album Brainwashed ukazał się pośmiertnie w 2002. Pochodzący z tego albumu utwór „Marwa Blues” zdobył w 2004 nagrodę Grammy w kategorii Pop – Best Instrumental Performance. Ostatnią nagraną przez Harrisona piosenką była napisana razem z synem, Dhanim, kompozycja Horse to the Water, która ukazała się na płycie Joolsa Hollanda Small World Big Band w listopadzie 2001. Dając wyraz swemu czarnemu poczuciu humoru, scedował prawa autorskie do tej piosenki na rzecz nieistniejącej firmy o nazwie R.I.P. Ltd. („Niech spoczywa w pokoju Sp. z o.o.”).