Następnie w sierpniu 1991 zakupiono samoloty francusko-włoskiej firmy ATR typu ATR 72-200 i kolejne samoloty Boeinga: Boeing 737-500 w grudniu 1992 i Boeing 737-400 w kwietniu 1993.
W listopadzie 1992 LOT stał się spółką akcyjną.
W 1999 LOT rozpoczął eksploatację brazylijskich samolotów Embraer 145, w marcu 2004 Embraer 170, a w maju 2006 Embraer 175. 8 czerwca 2010 Ministerstwo Obrony Narodowej wyczarterowało od PLL LOT dwa Embraery 175 do obsługi lotów najważniejszych osób w państwie. Umowa, odnowiona w 2013, miała obowiązywać do końca roku 2017 z możliwością przedłużenia lub skróceniaMON podpisało umowę na czarter samolotów dla VIP-ów polskieradio.pl, 21 grudnia 2013..
26 października 2003 roku LOT dołączył do sojuszu lotniczego Star Alliance, stając się jego 14. członkiem.
Do PLL LOT należał polski przewoźnik niskobudżetowy Centralwings (kod linii IATA: C0 / kod linii ICAO: CLW), założony w 2004. Premierowy lot linii lotniczych Centralwings odbył się 1 lutego 2005 na trasie Warszawa – Londyn, a we wrześniu linie obsłużyły półmilionowego pasażera. W kolejnych latach ze względu na niską rentowność tanich połączeń regularnych, które mogłyby w przyszłości zagrozić stabilności firmy zarząd spółki podjął decyzję o zawieszeniu do odwołania realizacji tanich połączeń regularnych.