Powrócił do życia pustelniczego, a lata, które przeżył w skicie w niemal całkowitej samotności, wspominał następnie z wielką radością. Jednak z powodu ogromnego spadku liczby mnichów zamieszkujących skit św. Jana Chrzciciela utrzymywanie tej placówki stało się niemożliwe i Jan musiał przenieść się do głównego klasztoru Wałaamskiego. Tam też żył w latach 1937-1940 r., pełniąc obowiązki pomocnika spowiednika mnichów.
W 1940 r., gdy na mocy traktatu pokojowego kończącego wojnę radziecko-fińską ziemie, na których znajduje się monaster Wałaamski, miały być przekazane ZSRR, mnisi postanowili wyjechać do Finlandii w obawie przed prześladowaniami ze strony władz radzieckich. Schimnich Jan razem z braćmi zamieszkał w utworzonym z myślą o nich klasztorze, który otrzymał nazwę Nowego Wałaamu. Pracował razem z innymi mnichami w polu i w lesie, pełnił obowiązki spowiednika wspólnoty, zaczął też przyjmować penitentów świeckich oraz prowadzić korespondencję z uczniami duchownymi. Kontakt listowny utrzymywał z rosyjskimi prawosławnymi emigrantami z całego świata, osobami wywodzącymi się z różnych klas społecznych i o różnym stopniu wykształcenia, a także z wieloma mniszkami z Monasteru Piuchtickiego w Estonii, które poznał w poprzednich latach, gdy przybywały na Wałaam. Ostatnie miesiące życia spędził w domu dla osób starszych w Heinävesi.