Dnia 14 październiku 1940 zesłany do obozu koncentracyjnego Auschwitz, gdzie funkcjonował jako ’Janusz Pokrzywicki’ (nr obozowy 6029), skąd 12 marca 1943 trafił z dużym transportem do Buchenwaldu, gdzie był zapisywany jako ’Janusz Pokrzywnicki’ ITS to International Tracing Service (numer obozowy 10723) Data przybycia transportu od dwa dni wcześniejsza niż ta podana na karcie więziennej Krzywickiego w obozie w Buchenwaldzie, dlatego zapewne błędna.. W obozach angażował się w konspirację wojskową; utrzymywał także kontakty z konspiracją komunistyczną. W trakcie ewakuacji obozu w kwietniu 1945 zbiegł z kolumny i ukrywał się do momentu wkroczenia amerykańskiej armii.

W lipcu 1945 wrócił do Polski, w następnym miesiącu wstąpił do Polskiej Partii Robotniczej (PPR), a w 1948 do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej (PZPR). W sierpniu 1945 został skierowany do Wyższej Szkoły Oficerskiej w Rembertowie. Po jej ukończeniu w listopadzie 1945 w stopniu kapitana pracował w Naczelnym Dowództwie i Sztabie Generalnym Wojska Polskiego. Był wówczas członkiem egzekutywy podstawowej organizacji partyjnej PPR i PZPR.