Po habilitacji awansował na stanowisko docenta i kierownika Zakładu Ogrodnictwa. W 1989 uzyskał tytuł profesora nauk rolniczych, a stanowisko profesora zwyczajnego w 1991. Został wtedy kierownikiem Katedry Ogrodnictwa i Zakładu Roślin Ozdobnych.
Z fili WSR w Poznaniu, po przekształceniu w filię Akademii Rolniczej, a następnie połączeniu z Wyższą Szkołą Inżynierską powstała Akademia Techniczno-Rolnicza, a następnie Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy. Jej obecna nazwa to Politechnika Bydgoska. Z kolei Pracownia Ogrodnictwa, w 1981 roku uzyskała status samodzielnego Zakładu Ogrodnictwa, a następnie stała się Katedrą Ogrodnictwa. W 2000 r. zmieniła się w Katedrę Roślin Ozdobnych i Warzywnych.
W latach 1981–1986 Marek Jerzy był prodziekanem (jedną kadencję), dziekanem (trzy kadencje) Wydziału Rolnictwa i Biotechnologii oraz prorektorem ds. rozwoju i organizacji ATR w Bydgoszczy (1984-87).
W 1998 przeniósł swoją aktywność zawodową do Poznania. Objął kierownictwo katedry Roślin Ozdobnych Akademii Rolniczych im. Augusta Cieszkowskiego. Pełnił tę funkcję do 2009 roku, kiedy przeszedł na emeryturę.
Zmarł po długiej chorobie w 2017 roku w Bydgoszczy. Pochowany na Cmentarzu Parafialnym pw. św. Wincentego à Paulo na Bielawach.