W 1664 powrócił do Gdańska, otwierając tam praktykę lekarską, którą prowadził do końca życiaPękacka-Falkowska 2018, s. 62, 63.. Jednocześnie od 1664 zaczął tworzyć Kunstkamerę, w której gromadził głównie obiekty geologiczne: minerały, skały, skamieniałości i duży zbiór bursztynów oraz wyroby z tych grup, oprócz tego w jej obrębie stworzył kolekcje zoologiczną, botaniczną, medyczną i zbiór różnych dzieł sztukiNovgorodova D.D. 2018. Musaeum Gottwaldianum i jego losy w Rosji. „Klio – Czasopismo Poświęcone Dziejom Polski i Powszechnym”. 46 (3), s. 109–137,. DOI: 10.12775/KLIO.2018.035.. Gottwald prowadził także badania zoologiczne, pisząc trzy prace: o żółwiach, bobrach i bezkręgowcach posiadających muszlę lub pancerz. Rozprawy te wydano pośmiertnie w Norymberdze, pierwszą z nich w 1781, a pozostałe w 1782Pękacka-Falkowska 2018, s. 64..