5 maja 1942 roku został na przedmieściach Tirany otoczony przez 200 albańskich milicjantów i zastrzelony. O zabójstwo podejrzewało się jednak albańskich komunistów, w tym nawet Envera Hodżę. 12 maja Komunistyczna Partia Albanii przedstawiła własną wersję wydarzeń, według której Stafa eskortował swoich przyjaciół, sam miał przy sobie rewolwer, którym zabił dwóch milicjantów oraz dwóch innych ciężko zranił; miało mu się udać przedrzeć przez oblężenie, jednak zginął w wyniku postrzału o 9:35 rano.
Został pośmiertnie uhonorowany tytułem bohatera narodowego Albanii.
Książki Qortimet e Vjeshtës. Shkrime letrare (1976; wydanie pośmiertne)
Upamiętnienia mały|Albański znaczek pocztowy z wizerunkiem Qemala Stafy (1947) Imieniem Qemala Stafy nazywano w Albanii ulice, place, szkoły oraz albański stadion narodowy, który został zlikwidowany w 2016 roku; w jego miejsce wybudowany nowy stadion Arena Kombëtare. W nazwanym jego imieniem jednym z tirańskich placów znajdowało się również jego popiersie.