Jego celem było nie tylko zapewnienie odporności na wstrząsy, ale również przywrócenie świetności.
W 2005 roku biblioteka na wniosek władz stanu Puebla i ministerstwa kultury została wpisana na listę UNESCO Pamięć Świata.
Zbiory Biskup Jan de Palafox y Mendoza 5 września 1646 roku notarialnie przekazał swój liczący ponad 5 000 woluminów księgozbiór seminarium duchownemu w Puebli, zastrzegając, że ma on służyć również osobom zainteresowanym nauką. Swoje zbiory na rzecz biblioteki przekazali również: Manuel Fernández de Santa Cruz y Sahagún, Francisco Fabián y Fuero i Francisco Pablo Vázquez. W 1767 roku biblioteka przejęła zbiory zlikwidowanych klasztorów i szkół jezuickich.
W latach 2000–2003 powstał katalog elektroniczny i rozpoczęto digitalizację zbiorów.
Biblioteka posiada 5 345 rękopisów, na które składają się: akta państwowe i kościelne, listy królów i biskupów, korespondencja władz świeckich i kościelnych. Pochodzą one „z archiwów kościelnych Nowej Hiszpanii, głównie diecezji Puebla, Oaxaca, Zacatecas i México”. W zbiorach znajduje się 42 556 woluminów, w większości wydanych przed 1800 rokiem. Są to książki teologiczne, ale znalazły się tu również zbiory z zakresu nauk humanistycznych, przyrodniczych i ścisłych.