26 stycznia 1954 została razem z mężem aresztowana i skazana przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie na 15 lat więzienia za prowadzenie korespondencji z Przemysławem Kraczkiewiczem, który był jej kolegą i dowódcą z Armii Krajowej, a przebywającym w tym czasie na Zachodzie. W czerwcu 1956 wskutek amnestii została zwolniona i wróciła do pracy w Liceum Żmichowskiej. Będąc kierowniczką ogniska nauczała języka francuskiego i zorganizowała klasy z językiem wykładowym francuskim: równocześnie była lektorem w SGPiS. Od 1962 pracowała jako wykładowca w Wyższym Studium Języków Obcych UW, a następnie do 1970 na Wydziale Romanistyki UW. Do 1979 uczyła także na kursach ówczesnej Czytelni Francuskiej (później Instytutu Francuskiego). Będąc już na emeryturze zajmowała się tłumaczeniami z i na język francuski. Henryka Martyniak jest autorką kilku podręczników i skryptów do nauki języka francuskiego. Należała do Związku Bojowników o Wolność i Demokrację.
Zmarła 2 sierpnia 1985 po długiej chorobie, a pochowana została w grobie rodzinnym na Powązkach.