W lipcu 1944 r. Wilhelm Szczepankiewicz przystąpił ze swoim obwodem do akcji „Burza”.
W październiku tegoż roku został komendantem Inspektoratu Regionalnego AK w Radzyniu Podlaskim. Po rozwiązaniu AK aktywnie włączył się w tworzenie podziemnych struktur antykomunistycznych. W maju 1945 został komendantem Okręgu Delegatury Sił Zbrojnych w Lublinie. 1 czerwca 1945 r. awansowany do stopnia podpułkownika służby stałej. W październiku tegoż roku kierowane przez niego struktury weszły w skład Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość (WiN). Po wyborach w 1947 r. uznał dalsze działanie za niecelowe. Ujawnił się wobec władz państwowych, zachęcając do tego swoich podwładnych. Znaczną część pieniędzy organizacji przekazał na pomoc dla rodzin żołnierzy WiN. Wyjechał do Warszawy, gdzie podjął pracę jako nauczyciel WF. W 1950 r. został aresztowany pod zarzutem powrotu do działalności konspiracyjnej. Jednak wypuszczono go po kilku miesiącach. W następnych latach był inwigilowany i wzywany na przesłuchania przez UB. Żonaty z Alicją, miał syna.