W latach 1945–1950 zespół występował w grupa II podokręgu przemyskiego klasy B, która była wtedy III poziomem rozgrywek. Mecze rozgrywano na boisku przy ul. Sportowej w Lubaczowie. W 1950 r. drużyna występowała w klasie "A" (grupa przemyska) jako Z.S. Gwardia Lubaczów. W latach 1951–1954 drużyna występowała w grupie IV jako Spójnia Lubaczów. W 1955 r. Lubaczowska Spójnia przyjęła nazwę Sparta Lubaczów i występowała w klasie B (grupa przemyska). Piłkarze wygrali rywalizację w swojej grupie i zakwalifikowali się do klasy "A". W 1957 r. klub powrócił do nazwy Lubaczowski Klub Sportowy "Pogoń" Lubaczów. Godłem wybrany został napis LKS Pogoń na czerwono-niebieskim tle.
Od jesieni 1979 r. piłkarze Pogoni występowali w przemyskiej klasie "W". Wysoką formę piłkarze Pogoni utrzymali również na wiosnę 1980 r., wygrywając klasę wojewódzką. W edycji rozgrywek Pucharu Polski w 1981 r., w 1/128 finału Pogoń pokonała Wisłokę Dębica (III liga) 6:3, wszystkie bramki dla Pogoni zdobył Jacek Krzyszkowski. Pogoń dotarła aż do 1/32 finału, gdzie 16 sierpnia 1981 r. przegrała u siebie z II ligową Stalą Rzeszów 1:5.