30 maja 1986 r. na stadionie w Lubaczowie Pogoń rozegrała towarzyski mecz z drużyną TJ Strojar Prakovce z Czechosłowacji. Pogoń wygrała 2:1 po bramkach Jerzego Wójcika i Stanisława Załuskiego. 1 czerwca 1986 r. Pogoń przegrała z Polonią Przemyśl, tracąc szansę zakwalifikowania do III ligi.
Od jesieni 1986 r. w Pogoni nie było już piłkarza Marka Amarowicza, który przeszedł do II ligowej Resovii Rzeszów. W dniu 11 listopada 1986 r. rozegrano z Resovią pożegnalny mecz towarzyski, w którym Pogoń wygrała 5:3. W meczu Pogoni Lubaczów ze Startem Rymanów w klasie "M", w dniu 22 czerwca 1987 r. swój pożegnalny mecz rozegrał Zbigniew Michalik, który zakończył swoją karierę strzeloną bramką. Pogoń wygrała 5:0.
28 kwietnia 1989 na stadionie Polonii w Przemyślu juniorzy Pogoni Lubaczów wygrali z gospodarzami 10:0. Wiosną zespół ten stanowił bazę do utworzenia nowego klubu pod nazwą Niezależny Klub Sportowy "Sokół", któremu sponsorował Klub Inteligencji Katolickiej w LubaczowieGazeta "Życie przemyskie", 29 sierpnia 1990 r.. W 46-letniej historii lubaczowskiej Pogoni, w jej piłkarskiej drużynie występowali futboliści–księża. Pierwszym z nich był ks. Tadeusz Rudnik w latach 1946–1947, drugim ks. Stanisław Kolano – pod koniec lat 70., a trzecim ks. Andrzej Stopyra w 1991Gazeta "Nowiny", art. "Ksiądz na prawym skrzydle", 21 grudnia 1991 r..