W 1887 przez misje przeszły pogromy ze strony buddystów, co na kilka lat załamało pracę misyjną w Tybecie. Sama siedziba biskupia nie ucierpiała w wyniku stanowczej reakcji lokalnych władz chińskich, z którymi bp Biet był w dobrych relacjach. W 1892 wyjechał do Francji na leczenie. Uzyskał wówczas wsparcie ministra spraw zagranicznych Francji Gabriela Hanotauxa i ambasadora Francji w Pekinie Augusta Gérarda, dzięki któremu misjonarze mogli powrócić do Tybetu.
Bp Biet nigdy już nie wrócił do Chin, spędzając resztę życia w seminarium Towarzystwa Misji Zagranicznych w Paryżu. Jednak de iure do śmierci pozostał wikariuszem apostolskim Tybetu. Faktyczny zarząd nad wikariatem sprawował prowikariusz, a do 1897 koadiutor Pierre-Philippe Giraudeau.
Pod koniec życia został kawalerem Legii Honorowej. Zmarł na gruźlicę 9 września 1901 w Saint-Cyr-au-Mont-d’Or, gdzie wyjechał za radą lekarza, który polecił mu zmienić klimat.
Upamiętnienie Znany ze swojego wsparcia dla badaczy Tybetu, bp Félix Biet został upamiętniony w nazwach gatunków zwierząt występujących w tym regionie.