Nie wszystkie okręty jednak zostały wcielone do aktywnej służby, część pozostawała w rezerwie lub posłużyła na części zamienne. Problemem był nienajwyższy poziom wyszkolenia wymaganych dla okrętów licznych załóg, które szkolili radzieccy instruktorzy – przy tym część stanowisk obsadzali w ogóle radzieccy specjaliści, zwłaszcza na okrętach podwodnych. Rozbudowano też znacznie siły desantowe, kupując 11 używanych okrętów desantowych w USA i jeden w Japonii. Liczebność personelu marynarki sięgnęła około 100 tysięcy, a piechoty morskiej 16 tysięcy.
Teoretycznie silna marynarka indonezyjska praktycznie nie została użyta podczas konfliktu z Holandią o Nową Gwineę Holenderską w 1962 roku, podczas którego holenderskie okręty patrolowały wybrzeża Nowej Gwinei i zwalczały próby infiltracji przez oddziały indonezyjskie. Doszło jedynie do niewielkiego starcia 15 stycznia 1962 roku koło wysp Aru, w którym zatopiony został indonezyjski kuter torpedowy „Matjan Tutul” typu Jaguar, na którym zginął zastępca szefa sztabu głównego marynarki komodor Jos Sudarso. Marynarka indonezyjska nie wzięła też udziału w konfrontacji z Wielką Brytanią i Malezją na Borneo w latach 1963–1966, z wyjątkiem działań niewielkich jednostek rzecznych.