Drugi z inkwizytorów, Pedro Arbues, został we wrześniu 1485 zamordowany podczas modlitwy w katedrze. Szybko ustalono odpowiedzialność grupy marranów za to zabójstwo. Wydarzenie to spowodowało zmianę nastrojów wśród starych chrześcijan. Aragońskie kortezy zgodziły się na zawieszenie fueros i całkowicie zrezygnowały z dalszej opozycji wobec inkwizycji. W latach 1486–1488 kilkudziesięciu marranów podejrzewanych o udział w spisku na życie Piotra Arbués zostało ukaranych (w tym wielu straconych) w publicznych autos da fe.
Procesy przeciwko żydowskim konwertytom trwały jeszcze w I połowie XVI (ostatnia egzekucja odbyła się w 1543), jednak stopniowo uwaga inkwizytorów Saragossy zwracała się bardziej w kierunku pilnowania ortodoksji i moralności tzw. starych chrześcijan. Już w latach 1498-1500 w Saragossie odbyły się także pierwsze udokumentowane w dziejach inkwizycji hiszpańskiej egzekucje osób oskarżonych o czary, choć w tej dziedzinie inkwizycja dość szybko przyjęła bardziej łagodny i racjonalny sposób działania. Mniej więcej w tym czasie przed trybunałem zaczęto stawiać także za takie występki jak bigamia czy bluźnierstwa. W 1524 trybunał w Saragossie, wraz z trybunałami z Barcelony i Walencji, uzyskał przywilej sądzenia za sodomię (przez co rozumiano wówczas homoseksualizm i zoofilię).