W latach 1540–1640 trybunał w Saragossie był jednym z najbardziej aktywnych i najbardziej surowych trybunałów inkwizycyjnych w Hiszpanii. W tym czasie trybunał ten dokonał 250 egzekucji, a ponad tysiąc skazańców wysłał na galery. Najsurowsze represje dotykały głównie osoby i społeczności z marginesu, jak np. miejscowe grupy morysków czy imigrantów z Francji. W okresie wojen hugenockich we Francji inkwizycję wykorzystywano też do egzekwowania królewskiego zakazu wywożenia koni do Francji. Przemyt koni traktowano bowiem jako formę wspierania francuskich heretyków. Władze obawiały się także wzajemnych kontaktów francuskich hugenotów i aragońskich morysków oraz działalności szpiegowskiej morysków na rzecz Imperium Osmańskiego i berberyjskich piratów. Dowody na takie kontakty, nie zawsze zresztą przekonujące, udało się znaleźć inkwizycji jedynie w bardzo nielicznych przypadkach.