Trybunał w Saragossie sporadycznie bywał wykorzystywany także do ścigania przeciwników politycznych. Najsłynniejszym przypadkiem tego typu jest proces byłego sekretarza króla Filipa II Antonio Pereza w 1591. Król, chcąc ominąć lokalny aragoński system prawny, polecił inkwizycji wszcząć przeciw niemu postępowanie o herezję. Działania inkwizycji zakończyły się jednak niepowodzeniem - Perez zdołał uciec z inkwizycyjnego więzienia i wyjechał do najpierw Francji, a potem do Anglii, gdzie prowadził propagandową działalność przeciwko królowi Filipowi II.
Wygnanie morysków z Hiszpanii w latach 1609-1614 znacząco zredukowało liczbę potencjalnych podsądnych trybunału w Saragossie. Od tej pory aktywność inkwizycji w Saragossie systematycznie malała. Aragonia w niewielkim stopniu dotknięta była imigracja portugalskich tzw. nowych chrześcijan, którzy stanowili znaczny odsetek podsądnych dla trybunałów kastylijskich. Podczas ostatniej wielkiej fali prześladowań nowych chrześcijan z Portugalii w latach 20. XVIII wieku w Saragossie odbyły się tylko dwie ceremonie autos-da-fa (w 1722 i 1723) z zaledwie trzynastoma podsądnymi.
Trybunał w Saragossie został zniesiony po raz pierwszy w 1808 przez okupacyjne władze napoleońskie.