W 1838 przeniesiono go w stopniu podpułkownika do urzędu Naczelnika Inżynierii Armii Czynnej, gdzie awansował w 1843 na pułkownika a w 1856 na generała-majora.
W 1857 zwolniony ze względu na stan zdrowia z armii był dyrektorem Kolei Żelaznej Warszawsko-Wiedeńskiej (1857) a następnie w latach 1857-1861 naczelnikiem Zarządu Okręgu XIII (późniejszy Okręg VII) Komunikacji w Warszawie. Interesował się jedwabnictwem - był wiceprezesem warszawskiej "Spółki Jedwabniczej". Był także od 1853 członkiem rzeczywistym Towarzystwa Jedwabniczego w Moskwie, od 1857 członkiem Warszawskiego Tow. Dobroczynności a od 1858 członkiem korespondentem Galicyjskiego Tow. Gospodarskiego. Pochowany został w grobie rodzinnym żony w Nasielsku w pow. pułtuskim.
Prace Jana Smolikowskiego Opis podróży po Francji w celu poznania zakładów inżynierii cywilnej, („Pamiętnik Warszawski” T. 20: 1821). Ogólny rzut oka na jedwabnictwo, Warszawa 1853 Nowy sposób hodowania jedwabników („Rozpr. c.k. Galicyjskiego Tow. Gospodarskiego” T. 18: 1855).
Odznaczony Order św. Stanisława 3 klasy