Żadna z czarodziejek tak naprawdę nie wie, jaką broń posiada Homura, ponieważ używa jej tylko wtedy, gdy czas jest zatrzymany.
Uwikłana w paradoks predestynacji, wielokrotnie próbuje zapobiec śmierci Madoki lub zawiązaniu kontraktu między Madoką a Kyubeyem, lecz za każdym razem nie udaje jej się jej uratować. Po każdym zresetowaniu osi czasu Homura zawsze wraca do pokoju szpitalnego, w którym wcześniej mieszkała. Po wielu niepowodzeniach zaczyna się zmieniać, staje się chłodniejsza i dystansuje się od otaczających ją ludzi. Kiedy Madoka wypowiada swoje życzenie i staje się konceptem zwanym „Prawem Cykli” (円環の理, Enkan no Kotowari), które objawia się wszystkim czarodziejkom chwilę przed tym, jak przemienią się w wiedźmę, Madoka ratuje je, zabierając do raju. Madoka tworzy nową rzeczywistość, w której Homura jest jedyną osobą, która ją pamięta. Homura kontynuuje walkę w nowym świecie z istotami zwanymi widmami, mimo że wierzy, że świat jest nieodwracalnie pełen tragedii.