W Puella Magi Madoka Magica: Rebellion W Puella Magi Madoka Magica: Rebellion Homura walczy wraz z innymi czarodziejkami z nowymi potworami zwanymi „Koszmarami” (ナイトメア, Naitomea). Z czasem zaczyna jednak dostrzegać nieprawidłowości w swoich wspomnieniach i rozpoczyna śledztwo. Odkrywa, że miasto Mitakihara to wyidealizowany świat stworzony przez jej podświadomość, podczas gdy jest ona o krok od zostania wiedźmą oraz jest poddawana eksperymentom przez Kyubeya, który chce obserwować „Ultimate Madokę” (アルティメット・まどか, Arutimetto Madoka).
Homura postanawia przemienić się w wiedźmę bez przewodnictwa Ostatecznej Madoki, aby zniweczyć plan Kyubeya. Gdy Ostateczna Madoka pojawia się, by zabrać Homurę do nieba, ta zaczyna przejmować nad nią kontrolę i staje się Demoniczną Homurą (悪魔ほむら, Akuma Homura), oddzielając ją od jej formy czarodziejki, pieczętując jej moce oraz przepisując rzeczywistość. Udaje jej się też zniewolić rasę Inkubatorów. W przeciwieństwie do Ultimate Madoki, która po przepisaniu rzeczywistości przestała istnieć fizycznie, Demoniczna Homura może przybrać ludzką formę w nowym świecie, mimo, że nie jest już czarodziejką. Jej moce zostały zapieczętowane w kolczyku.