Zmarł na atak serca, pochowany został na cmentarzu w Petersburgu.
Pozostawił testament wg którego wynoszący ok. 110 000 rubli w papierach wartościowych podzielił na dwie części, pierwszą zapisał rodzinie, drugą przeznaczył na cele publiczne, m.in. na rzecz Muzeum w Raperswilu i Jednocie ewangelicko-reformowanej w Wilnie (z przeznaczeniem na stypendia i wydawnictwa do dziejów reformacji). Jednocześnie wykluczył z możliwości korzystania z tych legatów wyłączył wszystkich krewnych profesorów uniwersytetu krakowskiego i lwowskiego oraz tamtejszej politechniki, co jego przyjaciel Jerzy Kurnatowski tłumaczył niechęcią do oficjalnej habsbursko-katolickiej historiografii. Swą bogatą bibliotekę częściowo Politechnice Warszawskiej, a częściowo — Muzeum Polskiemu w Rapperswillu wraz z bogatym zbiór znaczków pocztowych. Jednak po rewolucji lutowej jego zbiory uległy rozproszeniu a papiery utraciły swą wartość.
Prace Henryka Merczynga Prace z zakresu fizyki i elektrotechniki