Za swoją działalność został aresztowany i przez rok więziony w X Pawilonie Cytadeli warszawskiej. Został też karnie relegowany z uniwersytetu z tzw. wilczym biletem. Zakaz ten cofnięto mu i w 1907 r. wznowił studia.
Po uwolnieniu z więzienia Mieczysław Niklewicz ponownie zaangażował się w życie polityczne. W roku 1905 został szefem Ligi Narodowej w guberni piotrowskiej; był również jednym z głównych organizatorów Stronnictwa Narodowo-Demokratycznego w Królestwie Polskim. W 1906 r. wszedł w skład redakcji „Gazety Polskiej” będącej oficjalnym organem stronnictwa. Odtąd aż do roku 1939 był najwybitniejszym wydawcą dzienników i periodyków obozu narodowego oraz wydawcą książek narodowych autorów. W latach 1907–1910 wydawał „Gazetę Codzienną” i „Głos Warszawski”, od roku 1910 „Gazetę Warszawską” (aż do jej zawieszenia w 1915 r.), w latach 1912–1915 „Gazetę Poranną 2 Grosze”. Wydawał również wiele pism popularnych, propagujących idee ruchu narodowego: „Ognisko”, „Zorzę”, „Polaka”, oraz „Przegląd Narodowy”. Był redaktorem i wydawcą „Gazety Warszawskiej” (1918-1935), „Myśli Narodowej”, „Warszawskiego Dziennika Narodowego” (formalnie nie był jego redaktorem, ponieważ władze sanacyjne zakazały umieszczania jego nazwiska w stopce redakcyjnej), a także organizatorem i szefem wydawnictwa „Perzyński, Niklewicz i Spółka”.